A proposta pedagógica observa o seguinte:

1 - Os conteúdos a serem apresentados aos alunos estão relacionados no Plano de Ensino de cada classe na Educação Infantil ou série/ano no Ensino Fundamental e Médio.

Na Educação Infantil, os conteúdos estão divididos em unidades, sendo desenvolvidas nas áreas de linguagem, lógico-matemática, sócio-afetivas, biomotoras e Ensino Religioso. Também são oferecidos conteúdos complementares através  dança, teatro, e Língua Inglesa (para os 1° Anos). O texto de Robert Fulghum resume, poeticamente, o trabalho que se desenvolve na Escola, nesta área.

A partir do Ensino Fundamental, os conteúdos estão apresentados em disciplinas mínimas e obrigatórias, segundo a base curricular da legislação educacional brasileira (leia também o texto "O primeiro da classe", a respeito do Colégio São Bento, do Rio de Janeiro).

2 - São utilizados meios para que aconteça a aprendizagem dos alunos, compondo-se de espaços especialmente construídos ao desenvolvimento das capacidades dos aprendizes, além dos materiais pedagógicos próprios à faixa etária.

3 - O principal agente de ensino é o Professor. Até o 5º Ano a função docente se caracteriza, em sua maioria, pela unidocência e, a partir do 6º Ano, pela pluridocência (um professor/disciplina). Em outras palavras, o Professor é o proponente, o condutor, o estimulador e o responsável maior pelo processo de ensino, objetivando a aprendizagem do aluno.

4 - O método utilizado para repassar mensagens/conteúdos aos alunos é o Tradicional, que inicia nas primeiras classes da Educação Infantil pelo ensino dos conteúdos na utilização da ludicidade e por demonstrações concretas, concluindo-se no Ensino Médio, por plena abstração.

5 - Os teóricos sobre os quais se alicerça a Proposta Pedagógica são Martinho Lutero e João Amós Comenius.

6 - A proposta pedagógica da São Marcos, tanto Escola quanto Faculdade, é originária da Missão Institucional, fonte inspiradora de toda a ação presente e futura da organização.